nastepnie limfocyty
Następnie limfocyty T pomocnicze muszą rozpoznać zarówno kompleks peptydcząsteczka MHC, jak i cząsteczkę kostymulującą, występującą tylko na komórkach prezentujących zawodowo antygen. Jeśli dojdzie do tych procesów, limfocyty T pomocnicze mogą rozpocząć wydzielanie cząsteczek sygnałowych zwanych cytokinami typu Th2, które przyczynią się do aktywacji limfocytów B i do wiązania przez nie antygenu. Aktywacja odpowiedzi ze strony limfocytów T cytotoksycznych wymaga również obecności komórek typu APC dolna wstawka. Zanim limfocyt cytotoksyczny zdoła zareagować na antygen znajdujący się na zaszczepionych komórkach, te, które prezentują antygen, powinny wchłonąć plazmid szczepionkowy, wyprodukować kodowany przez niego antygen i zaprezentować jego fragmenty na cząsteczkach MHC klasy I z udziałem cząsteczek kostymulujących..klasy II.